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2026년 07월 01일 (수)

한의원 세무 칼럼 – 030

한의원 세무 칼럼 – 030

의료기관은 부가세 환급 되지 않고, 상가 분양받거나 구입하는 경우 부동산 매매계약서에 건물분과 토지분 금액 각각 기재해야



신규개원 및 한의원 확장·이전시 부동산 계약시 주의해야 할 사항



[한의신문] 이번호에서는 신규개원하거나 한의원을 확장·이전하여 부동산 계약시 주의해야 할 사항 중 세무에 관련된 사항에 대해서 설명해 본다.



1. 상가를 분양받거나 상가를 구입하는 경우 부동산 매매계약서에 건물분과 토지분의 금액을 각각 기재해야

​왜냐하면 건물분 매매대금은 향후 감가상각을 통하여 비용처리 할 수 있지만 토지는 감가상각이 안되기 때문에 비용처리하는 부분인 건물과 비용처리가 안되는 토지를 구분함으로써 회계처리가 명확해지고 향후 세무서와의 마찰을 줄일 수 있기 때문이다.

이때 가능하면 건물분은 세금계산서를, 토지분은 계산서를 수취하는것이 좋습니다. 단 개원전일 경우 사업자 등록번호가 없는 상태이고 병의원을 확장·이전시는 예전 사업자 번호로 세금계산서를 받게 될 수 있되므로 원장님 주민등록번호로 세금계산서와 계산서를 발부받는 것이 좋다.



2. 면세사업자인 병·의원은 부가세가 환급이 되지 않는다.

상가를 분양받거나 취득하는 경우 매수자가 일반과세자냐 면세사업자이냐에 따라 다음과 같이 취득가액과 부가세 환급여부가 달라진다.



1) 일반과세자인 경우

10억짜리 건물 구입시 건물대금 10억원+ 부가세 1억원=11억원을 부동산 매도자에게 지불하고 1억원의 부가세를 세무서로부터 환급받는다. 건물로는 부가세를 제외한 10억원을 계상하고 향후 감가상각을 통해 10억원을 비용처리한다.



​2) 면세사업자인 병의원의 경우

부가세가 환급이 되지 않으므로 11억원을 건물로 계상하고 향후 11억원을 감가상각을 통해 비용처리 한다.



3. 취득자금에 대해서 자금출처를 명확히

원장님들이 부동산 계약시 자금출처조사가 나오는 경우가 많으므로 이에 대비해야 한다. 즉 10억원 짜리 상가건물을 구입하는데 최근 10년간 소득세 신고한 것이 5억밖에 되지 않는다면 자금출처에 대해서 소명하기 힘드므로 사전에 담당 세무사와 상의 하는 것이 좋다.



4. 다운계약을 하지 말아야

​세금 문제 떄문에 다운 계약을 요구하는 경우하는 경우가 아직도 종종 있는데 이에 대해서는 응하지 않는 것이 좋다. 다운계약시 당장은 취득세와 등록세가 적게 나가지만 그만큼 건물 취득원가가 적게 잡히므로 향후 감가상각을 통해 처리할 수 있는 비용이 적어지게 되고 종합소득세 부담이 증가한다.

또한 추후 양도시 양도차익이 많이 발생하여 양도세 부담이 증가한다. 따라서 당장은 취득세, 등록세등의 지방세 부담과 부가세등의 세금이 줄어드는 것처럼 보이지만 향후 종합소득세와 양도소득세가 증가하므로 다운 계약을 하지 않은 것이 좋다.



5. 배우자 명의의 상가취득시 주의사항

​병의원이 면세사업자라서 부가세를 환급받지 못하거나 자가 건물일 경우 향후 경비가 모자랄 수도 있으므로 종합소득세 절감을 위하여 많이 사용하는 방법중의 하나가 원장님 배우자 명의로 상가를 취득하는 것이다.

즉 배우자가 부동산 임대소득자로 사업자 등록을 하고 상가를 취득하여 부가세를 환급받고 해당 상가를 병의원에 임대하는 형태로 사업을 시작하는 경우를 들 수 있다.



​이 경우 주의해야 할 사항은 다음과 같다.



1) 자금출처조사에 대비하여 증여세 신고를 하는 것이 좋다.

건물취득자금에 대하여 자금출처조사가 나올 수 있는데 배우자간에는10년간 6억원까지 증여세가 나오지 않으므로 증여세 신고를 미리 해두는 것이 좋다.



​​2) 시가만큼 임대료를 지불하자.

세법에서는 특수관계인끼리 부동산 임대시 적정한 임대료를 수취하도록 요구하고 있다. 즉 부모님이나 배우자 명의 건물에 무상이나 저렴하게 병의원을 오픈하는 경우 부당행위계산이 적용되어 향후 소득세나 증여세가 추징될 수 있다. 따라서 적정한 임대료, 즉 제 3자에게 임대시 받을 수 있는 임대료를 기준으로 하여 월세를 산정해야 한다.



3) 은행에서 대출 받은 자금에 대한 이자는 비용처리 하여 세금을 절감하자.



종합하자면 다음과 같다.

배우자간 증여를 통해서 5억, 은행에서 5억원을 대출 받아서 상가를 취득하는 경우 배우자는 부동산 임대사업자로 사업자등록증을 내고 취득자금 출처조사에 대비해서 배우자간 증여에 대해서는 증여세 신고를 은행에서 대출받은 5억원에 대해서는 이자비용만큼 비용처리하여 종소세 신고를 해야 한다.



6. 임대하여 병원 오픈시 건물주가 세금계산서를 발행해주지 않으면 인터넷 뱅킹을 통해서 기록을 남겨놓자.

건물주가 일반 과세자인 경우는 세금계산서를 받으면 되지만 간이 과세자인 경우 세금계산서를 받을 수 없으므로 계좌이체로 기록을 남겨두어야 한다.

관리비도 마찬가지로 가능한한 계좌이체를 하여서 기록을 남겨놓는 것이 좋다. 또한 경우에 따라서 매달 월세 2백만원을 지불하지만 다운계약서를 작성하고 세금계산서를 1백5십만원만 발행해주는 경우인데 이 경우에도 계좌이체로 기록을 남겨두고 담당 세무사와의 상담해서 비용을 인정받을 수 있도록 하는 것이 좋다.



문의사항 Tel : 010-3422-1650 | Freecolt@naver.com



조인정 세무사·미국공인회계사
 

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