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2026년 05월 11일 (월)

“세무조사, 어떻게 대응해야 할까?”

“세무조사, 어떻게 대응해야 할까?”

한의원 세무 1:1 맞춤 퍼스널티칭 <31>

이주현 세무사.jpg


이주현 세무사/세무법인 엑스퍼트 창원점


의료기관을 경영하고 있는 원장님들은 “누가 세무조사를 받았다더라”, “세무조사 때문에 얼마를 추징당했다고 하더라” 등과 같은 말들을 주변에서 많이 들어봤을 것이다.

사업을 하는 대표자라면 ‘세무조사’라는 단어는 굉장히 긴장되는 말이 아닐까 싶다. 하지만 그것은 세무조사에 대해 잘 모르기 때문에 그것에서 오는 막연한 공포감이라고 생각한다. 이번호에서는 세무조사에 대한 내용을 자세히 살펴보고자 한다.


1. 세무조사란 무엇인가?

세무조사는 국세청이 납세자의 세금 신고 내용이 정확히 이뤄졌는지 확인하기 위해 실시하는 조사다. 한의원의 경우, 세무조사 대부분은 납세자의 동의를 전제로 사전 통지를 받고 진행하는 ‘임의조사(일반조사, 특별조사)’가 대다수다.


2. 세무조사 선정 대상은 어떻게 결정되나?

주요 선정 기준은 다음과 같다.

○ 정기세무조사(순환조사)

· 최근 4년 이상 같은 세목(종합소득세, 법인세 등)에 대한 세무조사를 받지 않은 경우 업종, 규모, 경제력 등을 고려해 선정된다. 예를 들어, 대규모 사업자(개인 500억원·법인 2000억원 이상)는 5년 주기 순환 대상이 되지만, 일반 한의원은 보통 해당하지 않는다.

○ 랜덤(무작위) 추출

매출 또는 사업규모가 일정 수준을 넘는 사업자 중 일정 비율을 무작위로 선정하게 된다. 아주 소규모 사업자는 무작위 대상에서 제외될 수 있지만, 전반적으로 성실 신고가 기본 조건이다.

○ 신고 성실도 평가

국세청은 빅데이터 분석 및 300가지가 넘는 항목(신고내역, 카드매출, 증빙 비율, 접대비, 원천징수 이행률, 외환 거래 등)을 바탕으로 성실도를 산출하게 된다. 업종별로 하위권 성실도가 나오면 조사 대상으로 선택될 확률이 커지게 된다.

○ 특정 사유

· 탈세 혐의 포착(매출누락·가공경비 등), 반복된 신고 불성실, 외부 제보, 비정상적인 금융거래 등이 있을 경우 순환·정기조사와 별개로 ‘비정기 세무조사’가 즉시 이뤄질 수 있다.

· PCI시스템(소득 - 지출분석시스템): 국세청에서 보유하고 있는 과세 정보자료를 체계적으로 통합관리하여 일정 기간 신고소득과 재산증가, 소득지출액을 비교 분석하는 시스템이다. 국세청은 이를 이용해 5년간의 납세자가 신고한 소득금액과 재산증가, 소비지출액을 비교분석해 탈루소득을 찾아내고 있으므로 이점을 항상 유념해야 하며, 소득과 재산구입 및 소비가 서로 일치하지 않는 경우 세무조사를 받을 가능성이 있다.

 

2509-29 세무칼럼.jpg

 

3. 한의원에서 주의해야 할 조사 대상 주요 유형은?

· 비보험 진료수입 누락: 현금 결제 유도 후 장부 미기재, 비보험 진료비 차명계좌 입금, 차트 조작 등.

· 무자료 거래: 특정 한약재·원재료의 무자료 매입·판매.

· 현금영수증 미발행: 10만원 이상 현금결제 시 미발행.

· 개인 가사비용의 운영비 처리: 고급차량 리스, 가족 경비 등 사적비용을 사업비로 허위 계상.

· 신고 소득과 실제 소득 괴리: 국세청의 자료와 제출 신고내용의 차이가 클 때.


4. 세무조사 절차와 납세자 권리

· 사전통지: 조사 15일 전 공식적으로 통지된다. 특수한 비정기 조사는 예고 없이 이뤄질 수 있다.

· 조사 진행: 현장에서 신분 확인 후 조사 착수. 조사기간은 대개 10∼20일 내외이며, 조사 서류제출 요청, 인터뷰 등 절차를 거치게 된다.

· 조사결과: 조사 종료 후 20일 이내 결과 통지 및 결정 사유 설명. 납세고지서를 받기 전 까지는 과세 불복 시 30일 내 과세전적부심사청구서 납세자보호담당관실에 제출 가능. 고지서를 받은 이후에는 고지서를 받은 날로부터 90일 이내 이의신청, 심사·심판청구, 감사원 심사청구 등의 사후 권리구제 제도 활용가능.

· 권리보호: 조사 과정에서 부당함을 느끼면 납세자보호담당관에게 권리구제를 신청할 수 있다.


5. 세무조사 예방 및 대응 방법

· 성실신고·적격증빙 유지: 모든 매출·매입은 정확하게 장부에 기록하고, 현금영수증 및 세금계산서 등 법정 증빙을 철저히 관리해야 한다.

· 사적경비 제외: 개인과 가족의 소비성 지출을 운영비에 포함시키지 않도록 주의해야 한다.

· 근로소득·인건비 신고 관리: 인건비, 일용직 기록 누락 여부 관리.

· 정기점검: 회계담당자 혹은 세무전문가와 주기적으로 장부와 신고내역 점검.

· 문제 발생 시 전문가와 상담: 조사대상이 되었거나 탈루·신고착오 등이 걱정된다면 세무전문가의 도움을 미리 받는 것이 매우 중요하다.


☞ 한의사 회원들을 위한 Tip

· 평소 정확하고 투명한 세무 관리와 전문가의 조기 상담이 가장 확실한 세무조사 예방책.

· 세무조사 사전 통지 시 혼자 대응하기보다는 신속히 세무전문가에 자문을 구하셔서 불이익을 최소화하는 것이 중요.


[세무법인 엑스퍼트 창원점 이주현 세무사 카카오톡채널]

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