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2026년 05월 11일 (월)

정부·의료단체 의료비 자료제출 입장 차 커

정부·의료단체 의료비 자료제출 입장 차 커

국세청, “자료 미제출 기관 세원관리 하겠다”

의약단체, “대책 마련 후 시행해도 늦지 않다”



의료기관의 연말정산 자료제출 사안이 결국 법정에서 가리게 된 가운데 제도 시행 후 발생할 수 있는 문제점에 대한 대책 강구를 도외시한 채 연말정산 자료를 제출하지 않은 의료기관에 대해서는 세원관리를 실시할 방침이여서 우려되고 있다.



국세청은 지난 6일 발표를 통해 연말정산 간소화 서비스 제공과 함께 국세청 및 국민건강보험공단 간소화 홈페이지에 ‘의료비 미제출 자료 신고센터’를 마련하여 근로자가 자신의 누락자료를 신고할 수 있도록 하고, 추후 신고센터에 접수된 자료미제출 기관 및 누락자료에 대해서는 정밀분석하여 세원관리에 활용할 방침을 세우고 있다고 밝혔다.



의료기관 여건은 여전히 뒷전

연말정산 자료제출과 관련 국세청이 이러한 방침을 보이는 것은 그동안 의료기관을 대상으로 행정지도를 실시, 전체 의료기관을 대상으로 연말정산자료제출 마감시한인 12월6일까지 확인한 결과 전체의료기관의 29.1%(22,700기관)이 자료제출 거부의사를 표명하고 있어 결국 근로자 입장에서 소득공제증빙자료를 위해 의료기관을 직접 방문하여 영수증을 발급받아야 한다는 것이다. 의료기관의 연말정산 자료제출과 관련 국세청은 의료기관의 현실 및 자료집중기관으로 지정된 국민건강보험공단에 대해서도 다른 입장을 보이지 않고 있고, 이 제도에 대한 대국민 홍보를 강화하고 있는 양상을 보이고 있다.



일부에서는 의료계와 국세청이 첨예한 사안인 연말정산자료 미제출에 따른 세무조사와 자료 자료집중기관의 문제 등에 대해서도 상호간에 공감대를 형성했다고 하지만 국세청의 공식적인 입장은 아닌 것으로 나타나고 있다. 언론에서도 전후 사정을 전혀 고려하지 않고 국민의 입장에서 의료비 소득공제의 불편만을 강조하는 양상을 보이고 있다.



결국 연말정산 자료제출의 문제점에 대해 법정에서 가리기 위해 의약단체가 이 사안에 대해 서울행정법원에 고시처분 취소소송을 제기했다. 의약단체의 행정소송 내용은 자료집중기관으로 국민건강보험공단을 지정한 것에 대한 위법·부당성·의료부분에 관해 자료집중기관제도를 둔 소득세법 시행령규정의 위헌·위법성, 의료비 자료제출 규정의 위헌성 등 3가지로 나눠져 있다.



의료비 자료제출의 위헌성에 대해서는 기본권의 과잉제한금지 원칙 및 침해 최소성의 원칙 등에 위배될 소지 등을 들어 환자의 개인정보 자기결정권 침해 가능성을 제기했다. 또한 의료비내역은 기본적으로 의료기관의 영업비밀에 해당되고 이번 소득세법규정은 소득공제신청에 관한 행정효율성을 도모한다는 목적을 달성하기 위한 수단의 적합성과 침해 최소성 등을 갖추지 못하여 과잉금지원칙에 위배되어 결국 의료기관의 직업수행의 자유를 침해하고 있다고 소장에서 지적했다.



이번 연말정산 자료제출 소송과 관련 의료계 관계자는 “그동안 여러 차례에 걸쳐 연말정산 자료제출에 대한 문제점을 제기했으나 제대로 전달이 되지 않은 부분이 있다”고 지적하고 “의료기관의 자료는 환자의 정신적·육체적 결함에 관한 민감한 개인정보가 포함되어 있다는 점에서 고려되어야 할 점이 있다”고 밝혔다. 즉 의료기관과 장애인보장구판매자, 의료기관과 의료기기 판매자를 차별하는 결과를 초래한다고 지적했다.



앞서 언급한 바와 같이 연말정산 자료제출과 관련 정부는 의료기관의 여건 및 제도시행시 향후 발생할 문제점에 대해서는 충분한 대책을 마련하지 않고 있고 언론에서는 국민들이 연말정산자료 확보에 어려움을 겪고 있다는 점에만 포커스를 맞추고 있다.



환자정보 침해 가능성 높아

연말정산제도의 안정적인 정착을 위해서는 의료기관에서 제시한 문제점에 대한 대책을 충분히 강구한 후 제도를 시행해도 늦지 않고 아울러 소송결과에도 주목할 필요가 있다는 것이 관계자들의 지적이다.



한편 국세청은 연말정산 간소화 서비스를 지난 6일 부분개통하고, 의료비·신용카드를 포함한 전체서비스는 12월15일 개통시켜 근로자가 연말정산 간소화 홈페이지에 소득공제내역을 출력하여 연말정산을 할 수 있도록 했다.
 

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