한의원 세무 1:1 맞춤 퍼스널티칭 <41>

이주현 세무사/세무법인 엑스퍼트 창원점

지난달 발표된 세제개편안에서 부동산 관련 세제의 가장 눈에 띄는 변화는 세율 자체의 인상보다 기존의 ‘보유’ 중심의 세제혜택을 ‘거주’ 중심으로 전환했다는 점이다. 즉, 실제 거주하지 않는 주택에 대한 세제 혜택을 대폭 줄여 세수를 확보하는 것이 정부의 목적인 것으로 보인다. 

이번호에서는 2026년 세제개편 중에서도 부동산 관련 변화에 중점을 두고 향후 부동산의 처분 전략에 대해 알아보고자 한다.

1. 장기보유특별공제 폐지

2008년부터 이어져오던 장기보유특별공제가 폐지되고, 장기거주소득공제라는 새로운 공제제도가 등장한다. 

장기보유특별공제란 토지나 건물을 장기간 보유한 경우 1년에 일정 공제율을 적용하여 보유기간 수만큼 양도차익에서 공제 해주던 제도를 말하는데, 일반 토지 및 건물의 경우에는 공제율이 최대 30%에 달하고, 1세대 1주택의 경우에는 보유시 공제율과 거주시 공제율을 합하여 최대 80%까지 공제받을 수 있었기 때문에 양도차익이 큰 부동산을 장기간 보유한 납세자의 양도소득세 부담을 상당 부분 줄여주는 중요한 절세제도로 활용되어 왔다.

이러한 장기보유특별공제가 이번 세제개편을 통해 거주공제로 단계적 전환될 예정이기 때문에 고가의 임대주택을 보유하고 있는 임대사업자들은 늦어도 ’28년 중에는 주택을 양도하는 방안을 적극적으로 검토할 필요가 있다. 

<1세대 1주택>

1주택자의 장기보유특별공제는 ’27년 12월 말까지는 현행 공제율 그대로 적용되지만 ’28년도부터 거주 공제율 연 6%, 보유 공제율 연 2%로 개편되며 ’29년도부터는 거주시에만 연 8% 최대 80%까지 공제받을 수 있도록 개편된다. 

<다주택자>

다주택자의 경우 27년 12월 말까지 현행 공제율 그대로 적용되다가 28년도부터 거주시 연 2%, 보유시 1%의 공제율 중 큰 금액으로 공제해주는 방식으로 개편, 29년도부터는 거주시에만 연 2% 공제하는 방식으로 개편된다. 

2. 장기거주소득공제 한도 신설 

이번 세제개편안에서는 보유요건이 거주요건으로 개편된 것 뿐만 아니라, 종전에는 존재하지 않았던 공제 한도가 신설되어 공제 효과가 더욱 줄어들 전망이다. 

3. 주택분 종합부동산세 기본 공제금액 변화

종합부동산세는 과세기준일(매년 6월1일) 현재 보유하고 있는 부동산의 공시가격 합계가 기본공제금액을 초과하는 경우에 부과되는 보유세의 일종이다. 

세제개편안이 발표되었을 때, 비거주 주택분의 기본 공제금액을 기존 12억원에서 9억원으로 하향한다는 내용이 포함되었으나, 9월1일 국무회의에서 확정된 정부안에서는 비거주 주택분의 기본공제금액은 12억원으로 유지하는 것으로 발표했다.

부부 공동명의로 보유한 비거주주택의 기본 공제금액은 9억원에서 4억원으로 하향하는 것으로 발표했다가 이번 정부안에서 6억원까지만 하향하는 것으로 확정됐다. 

4. 다주택자의 조정대상지역 주택 양도소득세 중과 한시 완화

다주택자의 조정대상지역 보유 주택에 대한 중과세율 적용이 2028년까지 한시적으로 완화되었다. 

당초 ’26년 5월10일자로 종료되었던 중과세 유예 규정이 세제 개편안에서 단계적 완화의 형태로 부활한 것이다. 

5. 마치며

이번 세제개편안의 주요 내용을 종합해 보면, 향후 다주택 보유자에 대한 세제상 규제는 더욱 강화될 가능성이 높아 보인다. 특히 정부가 5월9일 이후 부활한 다주택자 중과세율 적용을 한시적으로 완화하기로 한 만큼, 조정대상지역 내 주택을 보유한 다주택자라면 이러한 한시적 완화기간을 적극적으로 활용할 필요가 있다. 따라서 해당 주택의 처분을 고려하고 있다면, 세부담 측면에서 상대적으로 유리한 2028년까지 양도하는 방안을 우선적으로 검토하는 것이 바람직할 것으로 판단된다.

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